การผ่านพิธีการศุลกากรในรูปแบบเอกสาร (Manual) คือการจัดทำใบขนสินค้าขาเข้า ใบขนสินค้าขาออก ที่จัดทำในรูปแบบเอกสาร โดยการนำเอกสารประกอบการทำใบขนฯ เช่น Invoice, Air Waybill, Packing list มาทำการตรวจสอบ คำนวณหาราคา น้ำหนัก ปริมาณ ชนิดของคำแปลชื่อสินค้า แล้วทำการพิมพ์ใบขนสินค้าตามแบบฟอร์มที่กรมศุลกากรกำหนด ซึ่งจะจัดชุดใบขนฯ ทั้งหมด 3 ชุด หลังจากนั้น ทำการตรวจสอบความถูกต้อง และนำไปผ่านพิธีการศุลกากร ตั้งแต่การตรวจสอบรายละเอียดต่างๆ ในเอกสาร การประเมินราคาชำระอากร และทำการตรวจปล่อย โดยทุกขั้นตอนที่กล่าวมาทั้งหมด ต้องพบเจ้าหน้าที่ศุลกากรทุกขั้นตอน จนกว่าจะตรวจปล่อย

ปัญหาและอุปสรรคของระบบ Manual

1. การลงทะเบียนรับใบขนและการโพยชื่อนายตรวจ  พบว่า ปริมาณงานไม่สมดุลกับอัตรากำลังคน ทำให้สิ้นเปลืองอัตรากำลัง และเวลาในการปฏิบัติงาน ไม่สามารถกำหนดเวลาแล้วเสร็จได้แน่นอน
2. การที่ผู้ประกอบการต้องติดต่อกับเจ้าหน้าที่โดยตรง  อาจเป็นช่องทางการแสวงหาผลประโยชน์จากเงินใต้โต๊ะ และการติดสินบนต่างๆ
3. การบันทึกข้อมูลการตรวจปล่อยมีความผิดพลาดบ่อย ข้อมูลไม่ชัดเจน เอกสารไม่ตรงกับความเป็นจริง ทำให้ใบขนค้างการดำเนินการนานจนเกินไปหรือประมาณ 10-20 วัน
4. การบันทึกข้อมูลการรับบรรทุกจากใบกำกับคอนเทนเนอร์กับ Manifest เรือ มีความล่าช้าและความผิดพลาดในการส่งข้อมูลบัญชีเรือสินค้าของตัวแทนเรือนั้น ส่งผลให้ระบบการ Matching  เกิดความล่าช้า ทำให้มีใบขนสินค้าคงค้าง
5. เอกสารในการดำเนินพิธีการศุลกากรมีจำนวนมาก มีโอกาสเกิดความผิดพลาดสูง และล่าช้า
6. การดำเนินการขอรับสำเนาใบขนสินค้า, ใบแนบ, และการจำลองใบขนสินค้ามีความล่าช้า
7. เสี่ยงต่อการลักลอบหลีกเลี่ยงสินค้าหนีภาษี การส่งสินค้าผิดกฎหมาย และการส่งออกโดยไม่ผ่านพิธีการศุลกากร ทำให้เกิดความเสื่อมเสียและเสียหาย

                จากปัญหาและอุปสรรคต่างๆ จึงทำให้ผู้ประกอบการด้านนำเข้าและส่งออกของไทย ขาดความคล่องตัวและศักยภาพในการแข่งขันกับประเทศอื่นๆ ดังนั้น จึงได้มีการพัฒนาระบบดำเนินการผ่านพิธีศุลกากรให้เป็นระบบแลกเปลี่ยนข้อมูลทางอิเล็กทรอนิกส์ (EDI) ในเวลาต่อมา

               EDI ย่อมาจาก Electronic Data Interchange คือ การแลกเปลี่ยนเอกสารทางธุรกิจระหว่างบริษัทคู่ค้าในรูปแบบมาตรฐานสากลจากเครื่องคอมพิวเตอร์เครื่องหนึ่งไปยังเครื่องคอมพิวเตอร์อีกเครื่องหนึ่ง โดยระบบ EDI จะมีองค์ประกอบที่สำคัญอยู่ 2 อย่างคือ การใช้เอกสารอิเล็กทรอนิกส์แทนเอกสารที่เป็นกระดาษ และเอกสารอิเล็กทรอนิกส์เหล่านี้ต้องอยู่ในรูปแบบมาตรฐานสากล

                ด้วยสององค์ประกอบนี้ทำให้ทุกธุรกิจสามารถแลกเปลี่ยนเอกสารกันได้ทั่วโลกระบบ E-Paperless เป็นการดำเนินพิธีการศุลกากรในรูปแบบไร้เอกสาร Paperless Customs ซึ่งกรมศุลกากรประกาศให้มีการใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2549 เพื่อให้การดำเนินการพิธีการศุลกากรเป็นไปแบบไร้เอกสาร โดยโปรแกรม Paperless ได้เริ่มต้นใช้กับใบขนสินค้าขาออกและใบเคลื่อนย้ายสินค้า (Goods Control List) ส่วนใบขนขาเข้า ในช่วงแรกยังคงให้เดินพิธีการศุลกากรด้วยระบบ EDI ตามเดิม แต่ต่อมาเมื่อเดือนพฤษภาคม 2551 กรมศุลกากรทำการยกเลิกระบบ EDI และเปลี่ยนมาใช้ Paperless Customs อย่างเต็มรูปแบบในที่สุด 

                การผ่านพิธีการที่ใช้ระบบอิเล็กทรอนิกส์ 100% เริ่มต้นตั้งแต่การส่งข้อมูล Invoice, ข้อมูลใบขนสินค้าผ่านผู้ให้บริการรับส่งข้อมูล (Vans) ไปยังเครื่องคอมพิวเตอร์ของศุลกากร เพื่อตรวจสอบความถูกต้องตาม (Profile) ที่กำหนด หากถูกต้องดีแล้ว เครื่องของกรมศุลกากรจะออกเลขที่ใบขนสินค้าให้ แต่ถ้าไม่ถูกต้อง จะแจ้งกลับโดยบอกรหัสข้อผิดพลาด เพื่อให้ผู้ส่งข้อมูลทำการแก้ไขและส่งกลับไปตามช่องทางเดิมเพื่อตรวจสอบใหม่ ถ้าทุกอย่างถูกต้องจะออกเลขที่ใบขนสินค้าให้

                ส่วนการตรวจปล่อยสินค้านั้น เครื่องคอมพิวเตอร์ของกรมศุลกากรจะกำหนดเอง โดยทำการสุ่มตรวจอัตโนมัติ อนึ่งระบบจะมีการกำหนดโหมดไว้เป็น Green Line หมายถึง ไม่ต้องตรวจสอบ ไม่ต้องตรวจปล่อย ยกเว้นกรณีถูกเครื่องสุ่มตรวจ สั่งการตรวจอัตโนมัติ ส่วนกรณี Red Line ต้องทำการตรวจสอบ พิกัดราคา และตรวจปล่อยตามปกติ

                อย่างไรก็ตาม เมื่อกรมศุลกากรหันมาดำเนินพิธีการนำเข้าและส่งออกในรูปแบบของ E-Paperless แล้ว จึงทำให้บริษัทซอฟต์แวร์ต่างๆ ได้ออกแบบระบบที่รองรับการใช้งานกับโปรแกรม Paperless สำหรับยื่นข้อมูลเอกสารต่างๆ ให้กับทางกรมศุลกากรได้อย่างสะดวกสบาย อาทิ Next A ผู้ออกแบบโปรแกรมคีย์ใบขนบน Cloud ซึ่งรองรับการใช้งานกับโปรแกรม Paperless พร้อมทำการยิงใบขนผ่านมือถือได้ รองรับระบบใบขนสินค้า ซึ่งประกอบด้วยใบขนสินค้าขาเข้า ใบขนสินค้าขาออก ใบกำกับการขนย้าย ใบ Invoice E-Payment และ Car Manifest ระบบรายงานยานพาหนะแบบไร้เอกสารทางรถ เป็นต้น คลิกอ่านเพิ่มเติมเกี่ยวกับระบบ Paperless กับเรื่องน่ารู้ของพิธีการนำเข้ากับกรมศุลกากร